被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。 铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……

铃木财团最新的高级酒店落成，小兰（黑川智花 饰）、阿笠博士（田山凉成 饰）、柯南（藤崎直 饰；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 饰；林原惠美 配音）受到园子（岩佐真悠子 饰）的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时，“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开，可就在此前不久，针对日本小姐获奖者寿可怜（奈都纪 饰）的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻，可怜突然失踪，当她再次出现在众人面前时，却已被杀害，以提线木偶般的恐怖形象登场。 诡异的是，柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一（小栗旬 饰）和宫野志保（香椎由宇 饰）的本尊形象。他们一面要追查杀害可怜的真正凶手，一面要准备与躲在暗处的黑暗组织展开对决……

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铃木财阀为了庆祝新建成的酒店,以现场直播的方式举办了[日本小姐得奖庆祝晚会].作为铃木财阀的女儿 园子的朋友柯南和新一的同级同学--探侦毛利小五郎（阵…

本片以25分钟的篇幅回顾了黑衣组织迄今为止的行动，也被称为第490.1话。这部特别篇在「与黑衣组织的接触」1小时特别篇版之前播出，红黑篇于次年1月播出。

名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？ 本片改编自漫画家青山刚昌的同名漫画，是真人版的第四弹。

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！

故事发生在化身“江户川柯南”的前夕——高中生侦探工藤新一正与青梅竹马毛利兰同游米花水族馆。此行的真正目的，是为实施让分居中的兰的父母——毛利小五郎与妃英理破镜重圆的“水族馆惊喜重逢恋爱复活大作战”进行事前勘察。然而欢乐时光戛然而止。当察觉到人群尽头弥漫的异常气息，新一立刻断定发生命案，急忙让兰呼叫工作人员。面对兰“明明没听到尖叫为何能察觉案件”的疑问，新一沉声答道：“是血腥味……”此刻，这位绯色高中生侦探即将循着血味直抵现场，调动全部感官锁定真凶！而案件背后，竟暗藏着通往那场宿命邂逅的“第二次勘察”……！？

根据青山刚昌著名原作推理漫画《名侦探柯南》改编。